Govardovskii et al. (2000) visual-pigment template.
Source:R/species_perception.R
govardovskii_template.RdReconstructs a photoreceptor's normalised absorbance spectrum from the peak wavelength alone, using the parametric template of Govardovskii et al. (2000) for A1 and A2 chromophores. This is the standard workhorse of comparative visual physiology.
Usage
govardovskii_template(lambda, lambda_max, chromophore = c("A1", "A2"))Details
The template models absorbance as the sum of an \(\alpha\)-band (main peak) and a \(\beta\)-band (short-wavelength shoulder). The \(\alpha\)-band follows the four-parameter expression: $$S_\alpha(\lambda) = \left[ e^{A(a - x)} + e^{B(0.922 - x)} + e^{C(1.104 - x)} + D \right]^{-1}, \quad x = \frac{\lambda_{\max}}{\lambda}$$ where \(A\), \(B\), \(C\), \(D\), and \(a\) are chromophore-specific constants (A1: \(A=69.7\), \(B=28\), \(C=-14.9\), \(D=0.674\), \(a\) wavelength-dependent; A2: \(A=62.7\), \(B=26.5\), \(C=-15.6\), \(D=0.530\)). The \(\beta\)-band is a Gaussian: $$S_\beta(\lambda) = 0.26\,\exp\!\left[ -\!\left(\frac{\lambda - \lambda_\beta}{b}\right)^2 \right]$$ with \(\lambda_\beta = 189 + 0.315\,\lambda_{\max}\) and \(b = -40.5 + 0.195\,\lambda_{\max}\). The full template is \(S(\lambda) = \max(0,\, S_\alpha + S_\beta)\), normalised to a peak of 1.
References
Govardovskii VI, Fyhrquist N, Reuter T, Kuzmin DG, Donner K (2000) In search of the visual pigment template. Visual Neuroscience 17:509–528.
Examples
lam <- seq(300, 750, by = 1)
govardovskii_template(lam, lambda_max = 560)
#> lambda S
#> 1 300 1.049643e-01
#> 2 301 1.078918e-01
#> 3 302 1.108541e-01
#> 4 303 1.138495e-01
#> 5 304 1.168764e-01
#> 6 305 1.199330e-01
#> 7 306 1.230175e-01
#> 8 307 1.261279e-01
#> 9 308 1.292623e-01
#> 10 309 1.324185e-01
#> 11 310 1.355944e-01
#> 12 311 1.387878e-01
#> 13 312 1.419963e-01
#> 14 313 1.452176e-01
#> 15 314 1.484492e-01
#> 16 315 1.516886e-01
#> 17 316 1.549331e-01
#> 18 317 1.581802e-01
#> 19 318 1.614272e-01
#> 20 319 1.646712e-01
#> 21 320 1.679094e-01
#> 22 321 1.711391e-01
#> 23 322 1.743573e-01
#> 24 323 1.775610e-01
#> 25 324 1.807473e-01
#> 26 325 1.839131e-01
#> 27 326 1.870555e-01
#> 28 327 1.901714e-01
#> 29 328 1.932578e-01
#> 30 329 1.963115e-01
#> 31 330 1.993295e-01
#> 32 331 2.023086e-01
#> 33 332 2.052460e-01
#> 34 333 2.081383e-01
#> 35 334 2.109828e-01
#> 36 335 2.137762e-01
#> 37 336 2.165157e-01
#> 38 337 2.191982e-01
#> 39 338 2.218208e-01
#> 40 339 2.243808e-01
#> 41 340 2.268752e-01
#> 42 341 2.293013e-01
#> 43 342 2.316565e-01
#> 44 343 2.339380e-01
#> 45 344 2.361433e-01
#> 46 345 2.382700e-01
#> 47 346 2.403157e-01
#> 48 347 2.422780e-01
#> 49 348 2.441548e-01
#> 50 349 2.459439e-01
#> 51 350 2.476434e-01
#> 52 351 2.492513e-01
#> 53 352 2.507660e-01
#> 54 353 2.521857e-01
#> 55 354 2.535088e-01
#> 56 355 2.547341e-01
#> 57 356 2.558602e-01
#> 58 357 2.568859e-01
#> 59 358 2.578103e-01
#> 60 359 2.586325e-01
#> 61 360 2.593518e-01
#> 62 361 2.599675e-01
#> 63 362 2.604793e-01
#> 64 363 2.608869e-01
#> 65 364 2.611901e-01
#> 66 365 2.613889e-01
#> 67 366 2.614835e-01
#> 68 367 2.614742e-01
#> 69 368 2.613615e-01
#> 70 369 2.611461e-01
#> 71 370 2.608286e-01
#> 72 371 2.604101e-01
#> 73 372 2.598916e-01
#> 74 373 2.592744e-01
#> 75 374 2.585598e-01
#> 76 375 2.577495e-01
#> 77 376 2.568450e-01
#> 78 377 2.558482e-01
#> 79 378 2.547611e-01
#> 80 379 2.535858e-01
#> 81 380 2.523246e-01
#> 82 381 2.509798e-01
#> 83 382 2.495540e-01
#> 84 383 2.480499e-01
#> 85 384 2.464701e-01
#> 86 385 2.448176e-01
#> 87 386 2.430955e-01
#> 88 387 2.413068e-01
#> 89 388 2.394547e-01
#> 90 389 2.375427e-01
#> 91 390 2.355742e-01
#> 92 391 2.335527e-01
#> 93 392 2.314819e-01
#> 94 393 2.293654e-01
#> 95 394 2.272071e-01
#> 96 395 2.250109e-01
#> 97 396 2.227808e-01
#> 98 397 2.205207e-01
#> 99 398 2.182347e-01
#> 100 399 2.159271e-01
#> 101 400 2.136019e-01
#> 102 401 2.112635e-01
#> 103 402 2.089162e-01
#> 104 403 2.065642e-01
#> 105 404 2.042121e-01
#> 106 405 2.018641e-01
#> 107 406 1.995247e-01
#> 108 407 1.971984e-01
#> 109 408 1.948896e-01
#> 110 409 1.926028e-01
#> 111 410 1.903426e-01
#> 112 411 1.881133e-01
#> 113 412 1.859196e-01
#> 114 413 1.837659e-01
#> 115 414 1.816567e-01
#> 116 415 1.795965e-01
#> 117 416 1.775897e-01
#> 118 417 1.756409e-01
#> 119 418 1.737544e-01
#> 120 419 1.719347e-01
#> 121 420 1.701861e-01
#> 122 421 1.685130e-01
#> 123 422 1.669198e-01
#> 124 423 1.654106e-01
#> 125 424 1.639899e-01
#> 126 425 1.626617e-01
#> 127 426 1.614303e-01
#> 128 427 1.602998e-01
#> 129 428 1.592742e-01
#> 130 429 1.583577e-01
#> 131 430 1.575541e-01
#> 132 431 1.568675e-01
#> 133 432 1.563016e-01
#> 134 433 1.558604e-01
#> 135 434 1.555475e-01
#> 136 435 1.553667e-01
#> 137 436 1.553216e-01
#> 138 437 1.554157e-01
#> 139 438 1.556526e-01
#> 140 439 1.560357e-01
#> 141 440 1.565684e-01
#> 142 441 1.572538e-01
#> 143 442 1.580953e-01
#> 144 443 1.590959e-01
#> 145 444 1.602587e-01
#> 146 445 1.615866e-01
#> 147 446 1.630825e-01
#> 148 447 1.647491e-01
#> 149 448 1.665891e-01
#> 150 449 1.686051e-01
#> 151 450 1.707996e-01
#> 152 451 1.731748e-01
#> 153 452 1.757332e-01
#> 154 453 1.784767e-01
#> 155 454 1.814074e-01
#> 156 455 1.845273e-01
#> 157 456 1.878380e-01
#> 158 457 1.913412e-01
#> 159 458 1.950384e-01
#> 160 459 1.989310e-01
#> 161 460 2.030201e-01
#> 162 461 2.073069e-01
#> 163 462 2.117921e-01
#> 164 463 2.164767e-01
#> 165 464 2.213610e-01
#> 166 465 2.264456e-01
#> 167 466 2.317306e-01
#> 168 467 2.372161e-01
#> 169 468 2.429020e-01
#> 170 469 2.487879e-01
#> 171 470 2.548733e-01
#> 172 471 2.611574e-01
#> 173 472 2.676393e-01
#> 174 473 2.743179e-01
#> 175 474 2.811919e-01
#> 176 475 2.882595e-01
#> 177 476 2.955191e-01
#> 178 477 3.029686e-01
#> 179 478 3.106059e-01
#> 180 479 3.184283e-01
#> 181 480 3.264332e-01
#> 182 481 3.346178e-01
#> 183 482 3.429788e-01
#> 184 483 3.515128e-01
#> 185 484 3.602162e-01
#> 186 485 3.690852e-01
#> 187 486 3.781157e-01
#> 188 487 3.873034e-01
#> 189 488 3.966437e-01
#> 190 489 4.061319e-01
#> 191 490 4.157630e-01
#> 192 491 4.255317e-01
#> 193 492 4.354328e-01
#> 194 493 4.454605e-01
#> 195 494 4.556091e-01
#> 196 495 4.658725e-01
#> 197 496 4.762445e-01
#> 198 497 4.867187e-01
#> 199 498 4.972885e-01
#> 200 499 5.079473e-01
#> 201 500 5.186880e-01
#> 202 501 5.295035e-01
#> 203 502 5.403868e-01
#> 204 503 5.513304e-01
#> 205 504 5.623267e-01
#> 206 505 5.733682e-01
#> 207 506 5.844472e-01
#> 208 507 5.955557e-01
#> 209 508 6.066857e-01
#> 210 509 6.178293e-01
#> 211 510 6.289783e-01
#> 212 511 6.401243e-01
#> 213 512 6.512592e-01
#> 214 513 6.623745e-01
#> 215 514 6.734617e-01
#> 216 515 6.845124e-01
#> 217 516 6.955180e-01
#> 218 517 7.064698e-01
#> 219 518 7.173592e-01
#> 220 519 7.281775e-01
#> 221 520 7.389160e-01
#> 222 521 7.495659e-01
#> 223 522 7.601184e-01
#> 224 523 7.705646e-01
#> 225 524 7.808957e-01
#> 226 525 7.911029e-01
#> 227 526 8.011771e-01
#> 228 527 8.111094e-01
#> 229 528 8.208909e-01
#> 230 529 8.305127e-01
#> 231 530 8.399656e-01
#> 232 531 8.492407e-01
#> 233 532 8.583289e-01
#> 234 533 8.672211e-01
#> 235 534 8.759082e-01
#> 236 535 8.843811e-01
#> 237 536 8.926307e-01
#> 238 537 9.006478e-01
#> 239 538 9.084232e-01
#> 240 539 9.159478e-01
#> 241 540 9.232123e-01
#> 242 541 9.302075e-01
#> 243 542 9.369242e-01
#> 244 543 9.433532e-01
#> 245 544 9.494854e-01
#> 246 545 9.553116e-01
#> 247 546 9.608226e-01
#> 248 547 9.660094e-01
#> 249 548 9.708630e-01
#> 250 549 9.753743e-01
#> 251 550 9.795347e-01
#> 252 551 9.833353e-01
#> 253 552 9.867676e-01
#> 254 553 9.898231e-01
#> 255 554 9.924936e-01
#> 256 555 9.947711e-01
#> 257 556 9.966477e-01
#> 258 557 9.981159e-01
#> 259 558 9.991686e-01
#> 260 559 9.997988e-01
#> 261 560 1.000000e+00
#> 262 561 9.997662e-01
#> 263 562 9.990917e-01
#> 264 563 9.979714e-01
#> 265 564 9.964007e-01
#> 266 565 9.943755e-01
#> 267 566 9.918923e-01
#> 268 567 9.889485e-01
#> 269 568 9.855420e-01
#> 270 569 9.816713e-01
#> 271 570 9.773359e-01
#> 272 571 9.725360e-01
#> 273 572 9.672727e-01
#> 274 573 9.615478e-01
#> 275 574 9.553641e-01
#> 276 575 9.487255e-01
#> 277 576 9.416364e-01
#> 278 577 9.341026e-01
#> 279 578 9.261304e-01
#> 280 579 9.177275e-01
#> 281 580 9.089022e-01
#> 282 581 8.996640e-01
#> 283 582 8.900231e-01
#> 284 583 8.799908e-01
#> 285 584 8.695793e-01
#> 286 585 8.588015e-01
#> 287 586 8.476712e-01
#> 288 587 8.362030e-01
#> 289 588 8.244122e-01
#> 290 589 8.123148e-01
#> 291 590 7.999275e-01
#> 292 591 7.872673e-01
#> 293 592 7.743521e-01
#> 294 593 7.611998e-01
#> 295 594 7.478289e-01
#> 296 595 7.342583e-01
#> 297 596 7.205067e-01
#> 298 597 7.065935e-01
#> 299 598 6.925377e-01
#> 300 599 6.783585e-01
#> 301 600 6.640750e-01
#> 302 601 6.497062e-01
#> 303 602 6.352708e-01
#> 304 603 6.207873e-01
#> 305 604 6.062740e-01
#> 306 605 5.917485e-01
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